खेतीयोग्य जमिनको सबै क्षेत्रमा सिँचाइ सुविधा पुर्याउन सकिने भए पनि बजेट अभाव, भौगोलिक विकटता र कमजोर भौगर्भिक अवस्था प्रमुख समस्याको रूपमा रहेको देखिन्छ। सिँचाइका कार्यक्रम सञ्चालन गर्दा विस्तृत अध्ययनबिना नै योजनामा बजेट राखिँदा ती योजना समयमा सम्पन्न हुन सकेका थिएनन्।
