कर्णाली प्रदेश सरकार बजेट कार्यान्वयनका हिसाबले देशकै कमजोर देखिएको छ । प्रत्येक वर्ष अर्बौ बजेट खर्च हुन नसकेर फिर्ता हुनु मन्त्री, सांसद तथा कर्मचारीहरुकै असक्षमता हो । विकास निर्माणदेखि स्वास्थ्य, शिक्षा, रोजगार, खानेपानीलगायतका क्षेत्रको विकास अझै लक्ष्यअनुसार हुन नसकेको अबस्थामा पर्यापत बजेट खर्च गर्न नसक्नु दुर्भाग्य हो । कर्णाली प्रदेश सरकारले आर्थिक वर्ष २०७६-०७७ का लागि विनियोजन गरेको कुल बजेटमध्येको आधाभन्दा बढी बजेट खर्च हुन नसकेर फिर्ता भएको छ । गत आवमा विनियोजन भएको ३४ अर्ब ३५ करोड रुपैयाँमध्ये १७ अर्ब ९९ करोड फ्रिज भएको हो ।