कर्णाली प्रदेश सरकार बजेट कार्यान्वयनका हिसाबले देशकै कमजोर देखिएको छ । प्रत्येक वर्ष अर्बौ बजेट खर्च हुन नसकेर फिर्ता हुनु मन्त्री,सांसद तथा कर्मचारीहरुकै असक्षमता हो । विकास निर्माण देखि स्वास्थ्य,शिक्षा,रोजगार,खानेपानी लगायतका क्षेत्रको विकास अझै लक्ष्य अनुसार हुन नसकेको अबस्थामा प्रयाप्त बजेट खर्च गर्न नसक्नु दुर्भाग्य हो । कर्णाली प्रदेश सरकारले आर्थिक वर्ष २०७६-२०७७ का लागि विनियोजन गरेको कुल बजेटमध्येको आधाभन्दा बढी बजेट खर्च हुन नसकेर फिर्ता भएको छ । गत आवमा विनियोजन भएको ३४ अर्ब ३५ करोड रुपैयाँमध्ये १७ अर्ब ९९ करोड फ्रिज भएको हो ।