पछिल्लो समय नेपाली औषधिको गुणस्तरमाथि प्रश्न उठ्दै आएको छ, विशेषगरी स्वदेशी उत्पादनका सन्दर्भमा। विभागले औषधिको गुणस्तर सुनिश्चित गर्न विश्व स्वास्थ्य संगठनको कुशल औषधि उत्पादन अभ्यास (जिएमपी) मापदण्ड पूरा गर्नुपर्ने जनाएको छ। तर, हालसम्म ५८ कम्पनीले मात्र डब्लुएचओ जिएमपी प्रमाणपत्र प्राप्त गरेका छन्।