नेकपा एकीकृत समाजवादीले एमालेकै मोडलमा विभिन्न आयोगहरू गठन गरेको छ । एकीकृत समाजवादीले केन्द्रीय अनुशासन आयोग, केन्द्रीय लेखा परीक्षण आयोग र केन्द्रीय निर्वाचन आयोग गठन गरेको हो । तीनवटै आयोग ३५ सदस्यीय रहने सो पार्टीले जनाएको छ ।अनुशासन आयोगको अध्यक्षमा काभ्रेका शिवबहादुर देउजा रहेका छन् भने केन्द्रीय लेखा परीक्षण आयोगको अध्यक्षमा ताप्लेजुङका भरतकुमार श्रेष्ठ र केन्द्रीय निर्वाचन आयोगको अध्यक्ष ललितपुरका माधव पौडेल रहेका छन् । त्यस्तै सो पार्टीले केन्द्रीय सल्लाहकार परिषद् पनि गठन गरेको छ