नीति, योजना तथा जनस्वास्थ्य समन्वय महाशाखाअन्तर्गत नीति, योजना तथा बजेट शाखा, अनुगमन, मूल्याङ्कन तथा अनुसन्धान शाखा तथा स्वास्थ्य समन्वय, जनसङ्ख्या तथा सूचना व्यवस्थापन शाखा रहने व्यवस्था गरिएको छ। यस्तै स्वास्थ्य, खाद्य स्वच्छता तथा औषधि गुणस्तर नियमन महाशाखाअन्तर्गत स्वास्थ्य संस्था मापदण्ड तथा गुणस्तर नियमन शाखा, चिकित्सा सेवा, शिक्षा तथा वैकल्पिक चिकित्सा शाखा तथा खाद्य तथा औषधि गुणस्तर नियमन शाखा रहने प्रस्ताव छ।