प्रस्तावित राष्ट्रिय प्रतिरक्षा विश्वविद्यालयको संरचना निर्माणमा बजेट अभाव भएको छ । विश्वविद्यालयको सम्पूर्ण पूर्वाधार निर्माणका लागि करिब ९ अर्ब रुपैयाँ लाग्ने अनुमान गरिएको छ । तर सरकारले पर्याप्त बजेट विनियोजन नगरेको पूर्वाधार निर्माण विकास समितिले जनाएको छ ।